A támogatási kérelmeket elektronikusan, az ügyfélkapun keresztül kell benyújtani a MVH-hoz. Mindebben a falugazdászok és az agrárkamarai tanácsadók is segítenek a gazdálkodóknak. Az agrár-környezetgazdálkodási támogatás akkor jár, ha a földhasználók a rendeletben előírt, önként vállalt kötelezettségeket a használatukban lévő földterületeken öt - bizonyos célprogram esetén tíz - évig betartják. Az előírások teljesítése közben felmerült többletköltséget és elmaradt hasznot a támogatás ellentételezi, melyre jóváhagyás esetén a földhasználó öt éven keresztül jogosult. 


Az előzetesen jóváhagyott földterületek pontos beazonosítására a támogatási kérelem jogerőre emelkedését követő kilencven napon belül területazonosítási kérelmet kell benyújtania a gazdálkodónak. Erre azért van szükség, mert a jóváhagyott területek képezik a támogatás kifizetésének alapját.